Seen entstehen dort, wo seitlich zuströmendes Wasser oder Regenwasser aufgrund der Geländeform nicht abfließen kann. Landschaften, die von Gletschern geformt wurden, sind häufig seenreich.
Dies liegt unter anderem daran, dass Gletscher bei ihren Vorstößen wie große Landschaftshobel funktionieren. Durch ihr großes Gewicht und die im Eis eingefrorenen Gesteinsbrocken erodieren sie aus dem Gesteinsuntergrund sogenannte Zungenbecken heraus, die sich nach dem Abschmelzen mit Wasser füllen und damit einen Zungenbeckensee bilden.
Manchmal ist auch die Ablagerung von Endmoränen für die Entstehung von Seen verantwortlich. Man spricht dann von Moränenstauseen, weil die Moränenwälle hier wie Staumauern wirken.
Sehr kurzlebig sind die sogenannten Eisrandstauseen. Hier sammelt sich das Wasser beim Abtauen des Eises direkt am Gletscherrand. Taut das Eis weiter ab, verschwindet die Staumauer und das Wasser kann sich neue Abflusswege suchen. Die Ausdehnung der Seen wird dadurch kleiner oder sie verschwinden ganz.
Sogenannte Toteisseen entstehen beim Abtauvorgang der Gletscher, wenn diese an ihrer Front in mehr oder weniger große Eisbrocken zerfallen. Dieses Toteis kann von Schmelzwasserströmen zugeschottert oder bei kurzen Wiedervorstößen vom Gletscher mit Moränenmaterial „vergraben“ werden. Beim weiteren Abtauvorgang ist es dadurch vor direkter Sonneneinstrahlung geschützt und taut zeitlich verzögert. Dadurch entstehen abflusslose Senken im Gelände. In diesen können sich grundwassergespeiste Seen bilden.